16 октября 2020, 00:00

Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): Диагностика

Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): Диагностика

Оригинал: UpToDate

Автор: Angela M Caliendo, MD, PhD, Kimberly E Hanson, MD, MHS

Опубликовано: 16 октября 2020, UpToDate

Перевод: Наталия Спиридонова, Фонд “Не напрасно!”

Редакция: Дарья Цыба, Фонд “Не напрасно!”

Введение

Коронавирусы — важные патогены человека и животных. В конце 2019 года новый коронавирус стал причиной множества случаев пневмонии в Ухане, городе китайской провинции Хубэй. Вирус быстро распространился, что привело к эпидемии в Китае. За этим последовало увеличение числа случаев заболевания в других странах мира. В феврале 2020 года Всемирная организация здравоохранения дала название новой болезни — COVID-19 [1]. Вирус, который вызывает COVID-19, назван «коронавирусом, вызывающим тяжелый острый респираторный синдром — 2» (SARS-CoV-2); ранее он назывался 2019-nCoV.

Мы узнаем о COVID-19 всё больше. Всемирная организация здравоохранения иЦентр по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) издали Временные руководства [2,3]. Ссылки на эти и другие методические рекомендации обществ можно найти в соответствующем разделе (см. «Ссылки на рекомендации профессиональных обществ» ниже).

В этой статье будет обсуждаться диагностика COVID-19. Клинические особенности, эпидемиология, вирусология и профилактика COVID-19 подробно обсуждаются в других статьях (см.«Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): клиника и диагностика»).

Тактика ведения пациентов с COVID-19 также подробно обсуждается в других статьях:

Вопросы, связанные с COVID-19 у беременных женщин и детей, обсуждаются в других статьях:

Для получения подробной информации об осложнениях COVID-19 и проблемах, связанных с COVID-19 в других группах пациентов, следует смотреть обзоры конкретных тем.

Внебольничные коронавирусы, коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS) и коронавирус ближневосточного респираторного синдрома (MERS) обсуждаются отдельно (см.«Коронавирусы» и«Тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС)» и «Коронавирус ближневосточного респираторного синдрома: вирусология, патогенез и эпидемиология»).

Диагностический подход

Клиническая настороженность. С точки зрения вероятности заражения COVID-19в первую очередь следует обращать внимание на пациентов, имеющих впервые выявленные симптомы лихорадки и/или заболеваний дыхательных путей(например, кашель, одышка). Также следует обращать внимание на пациентов c тяжелыми заболеваниями нижних дыхательных путей неясного происхождения. Другие симптомы, указывающие на COVID-19, включают нарушение обоняния или вкуса, боли в мышцах и диарею (Таблица 1) (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): клинические особенности», раздел «Первичные проявления»). В случае широкого распространения SARS-CoV-2в мире врачам следует снизить порог подозрения в отношении COVID-19, вероятность заражения становится еще выше, если пациент:

  • проживал или путешествовал в течение предыдущих 14 дней в местах, где коронавирус, вызывающий тяжелый острый респираторный синдром — 2 (SARS-CoV-2) распространяется внутри сообщества (то есть имеется большое количество случаев, которые не могут быть отнесены к конкретным цепям передачи); при нахождении в таких местах среди большого скопления людей или присутствии на мероприятиях,где было зафиксировано большое количество случаев, риск заражения особенно высок (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», разделы «Географическое распространение и подсчет случаев» и «Риск передачи зависит от типа контакта»);
  • близко контактировал в течение предыдущих 14 дней с человеком, у которого был подтвержден или подозревался COVID-19, включая контакты, связанные с работой в медицинских учреждениях. Под близким контактом подразумевается нахождение на расстоянии примерно двух метров от человека с COVID-19в течение нескольких минут без средств индивидуальной защиты (СИЗ) или непосредственный контакт с инфицированными выделениями без использования СИЗ.

Не существует специфических клинических признаков, с помощью которых можно было бы надежно отличить COVID-19от других респираторно-вирусных инфекций [4]. Тем не менее некоторые признаки могут стать основанием для более высокого уровня клинической настороженности [5-7]. О наличии COVID-19 может свидетельствовать развитие одышки в течение нескольких дней после появления первых симптомов [5]. В одном из исследований, изучавших работников здравоохранения (преимущественно женщин 20-40 лет), которые были протестированы на SARS-CoV-2ввиду наличия соответствующих невыраженных симптомов, положительному результату теста чаще всего сопутствовали потеря обоняния и мышечные боли [6]. Были обнаружены и другие, более редкие, симптомы, повышающие вероятность COVID-19,такие как впервые выявленные пернио-подобные высыпания (например, «ковидные пальцы»). Однако ни один из этих симптомов не может служить достаточным основанием для постановки диагноза COVID-19 без микробиологического тестирования.

COVID-19 также следует рассматривать в качестве возможного диагноза у пациентов с внелегочными осложнениями, которые ассоциируются с инфицированием SARS-CoV-2, такими как повреждение миокарда, ишемический инсульт, другие тромбоэмболические события, воспалительные осложнения (например, мультисистемный воспалительный синдром у детей). См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): клинические особенности», раздел «Течение болезни и осложнения».

Для оценки состояния пациентам с подозрением на COVID-19,не нуждающимся в экстренной помощи, следует рекомендовать до визита позвонить в медицинское учреждение. Во многих случаях необходимость тестирования может быть оценена по телефону. В отношении пациентов, находящихся в учреждениях здравоохранения, меры инфекционного контроля должны быть приняты сразу, как только возникли подозрения в возможности заражения COVID-19. См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Пациенты с подозреваемым или подтвержденным COVID-19».

Кого тестировать

Симптомные пациенты. Все пациенты с симптомами, вызывающими подозрения в наличии инфекции (см. «Клиническая настороженность» выше), должны, по возможности, пройти тестирование. Окончательный диагноз не может быть поставлен без микробиологического тестирования. Однако в некоторых местах ограниченные возможности не позволяют тестировать всех пациентов с подозрением на COVID-19. У местных департаментов здравоохранения могут быть свои критерии для проведения тестирования.

Американское общество инфекционных заболеваний (IDSA) предложило перечень приоритетов для тестирования в условиях ограниченных возможностей (Таблица 2). В соответствии с ним в первую очередь следует тестировать пациентов, находящихся в больницах (особенно в критическом состоянии с респираторным заболеванием неясного происхождения), и тех людей с симптомами, которые работают в медицинских учреждениях или службах экстренного реагирования, работают или проживают в местах большого скопления людей или имеют факторы риска тяжелых заболеваний [8].

Европейский центр профилактики и контроля заболеваемости также предложил стратегии тестирования в условиях ограниченных ресурсов.

Критерии тестирования, предложенные Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) можно найти онлайн в их техническом руководстве.

Когда доступность тестирования ограничена, предварительный диагноз COVID-19 часто ставится на основе схожих клинических проявлений в условиях риска заражения, особенно если отсутствуют другие очевидные причины, которые могли вызвать симптомы. Ведение подозрительных случаев в условиях недоступности тестирования обсуждается в другом разделе (см. «Тестирование на COVID-19 труднодоступно» ниже).

Отбор лиц без симптомов. С точки зрения общественного здоровья и инфекционного контроля также может быть полезно тестирование отдельных лиц без симптомов. Показания для тестирования лиц без симптомов включают следующие [9,10]:

Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC)предлагают не тестировать повторно в течение первых трех месяцев тех бессимптомных лиц, у кого ранее был диагностирован SARS-CoV-2, так как невелика вероятность, что повторный положительный результат теста, полученный в течение этого интервала, указывает на активную реинфекцию (см. «Постоянный или повторяющийся позитивный тест МАНК» ниже).

Первичное тестирование и сбор образцов. Предпочтительным методом первичной диагностики COVID-19являютсятесты, основанные на амплификации нуклеиновых кислот (МАНК), чаще всего в сочетании с методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), позволяющие определить наличие РНК SARS-CoV-2в образцах из верхних дыхательных путей [13]. В некоторых случаях для первичной диагностики может использоваться тест на антитела, но такие тесты менее чувствительны, чем МАНК, и их отрицательные результаты обычно требуют подтверждения с помощью МАНК. См. «Тесты МАНК (включая ОТ-ПЦР) для диагностики текущей инфекции» и «Тестирование на антитела как альтернатива тестов МАНК» ниже.

Основными образцами для диагностики SARS-CoV-2с помощью МАНК являются пробы, взятые из верхних дыхательных путей. Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC)рекомендуют брать один из следующих образцов [14]:

  • образец назофарингеального смыва, который берется медицинским работником;
  • образец назального смыва из обеих ноздрей, который берется медицинским работником или самим пациентом в медицинском учреждении или дома (при этом используется флок-тампон или тампон с полиэфирным наконечником);
  • образец назального смыва из средней носовой раковины, который берется медицинским работником или под его присмотром самим пациентом в медицинском учреждении (при этом используется конусообразный флок-тампон);
  • назальный или назофарингеальный смыв/аспират, который берется медицинским работником;
  • образец орофарингеального смыва, который берется медицинским работником;
  • образец слюны (1-5 мл), который берется самим пациентом под присмотром медицинского работника.

Пацентам, которые собирают свои образцы (любого типа) самостоятельно, необходимо подробно объяснить, как правильно проводить эту процедуру.

Относительно того, какие образцы из верхних респираторных путей являются оптимальными, нет однозначного мнения. IDSA предложило отдавать предпочтение назофарингеальным смывам, образцам из средней носовой раковины или назальным образцам перед орофарингеальными, так как существуют ограниченные данные, предполагающие низкую чувствительность орофарингеальных образцов [10]. Однако последующие исследования предположили, что образцы слюны выгодно отличаются от назальных образцов, и несколько тестов, основанных на образцах слюны, получили в Соединенных Штатах экстренное разрешение на применение. Чувствительность тестов при использовании с различными образцами обсуждается в другом разделе (см. «Точность» ниже).

Дополнительную информацию относительно тестирования и подготовки клинических образцов можно найти на сайте CDC.

Практические подходы к инфекционному контролю во время сбора образцов обсуждаются в другой статье (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Пациенты с подозреваемым или подтвержденным COVID-19»).

Интерпретация результатов теста и дополнительное тестирование

Положительный результат теста МАНК. Положительный результат тестирования на SARS-CoV-2 методом амплификации нуклеиновых кислот (МАНК; например, ОТ-ПЦР) обычно подтверждает диагноз COVID-19. Дополнительных диагностических тестов не требуется. Однако дополнительное тестирование может быть необходимо для ведения госпитализированных пациентов. Это обсуждается в другой статье (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): лечение у госпитализированных взрослых», раздел «Обследование»).

В пробах, взятых из верхних дыхательных путей пациентов с COVID-19, РНК SARS-CoV-2 может обнаруживаться спустя недели после возникновения симптомов [15], однако продолжительное выявление вирусной РНК не обязательно свидетельствует о том, что человек продолжает быть заразным [16,17]. Эти данные и их последствия для принятия решения о прекращении изоляционных мер подробно обсуждаются в других статьях (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», раздел «Выделение вируса и контагиозный период» и «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Прекращение профилактических мер»).

Существуют также сообщения о пациентах с COVID-19, у которых МАНК-тесты, проведенные после зафиксированной элиминации вирусной РНК, показывали положительные результаты. Таким образом, нет оснований утверждать, что эти данные свидетельствуют о рецидиве или повторном инфицировании (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», раздел «Иммунитет после инфекции»).

Отрицательный результат теста МАНК. Для многих людей достаточно одного отрицательного результата теста МАНК, чтобы исключить диагноз COVID-19. Однако хорошо описаны случаи, когда тесты МАНК, сделанные с пробами из верхних дыхательных путей, показывали ложно-отрицательные результаты (см. «Точность» ниже). Если первичное тестирование показало отрицательный результат, но при этом сохраняется подозрение на COVID-19 (например, есть симптомы, указывающие на наличие заболевания и не имеющие другой очевидной причины) и подтверждение наличия инфекции важно для лечения или инфекционного контроля, мы предлагаем сделать повторный тест. Оптимальное время для повторного тестирования неизвестно. Обычно оно выполняется через 24-48 часов после первичного теста. Не рекомендуется делать повторный тест ранее, чем через 24 часа.

В случае с пациентами, у которых есть признаки заболевания нижних дыхательных путей, возможным вариантом может быть использование для МАНК-тестирования образцов, взятых из нижних дыхательных путей [10,18]. Мы согласны с IDSA и ВОЗ, которые рекомендуют зарезервировать МАНК-тестирование образцов, взятых из нижних дыхательных путей, для госпитализированных пациентов, у которых первичное тестирование образцов из нижних дыхательных путей на SARS-CoV-2показало отрицательный результат, но в отношении которых сохраняется подозрение на инфицирование SARS-CoV-2 нижних дыхательных путей [10,19]. В качестве образцов из нижних дыхательных путей у пациентов с влажным кашлем берется отхаркиваемая мокрота, у интубированных пациентов — трахеальный аспират или бронхоальвеолярный лаваж. Большинство МАНК-тестов не получили экстренного разрешения на применение с образцами из нижних дыхательных путей, следовательно, лабораториям необходимо валидировать эти типы образцов, что возможно не везде. Вызывать отхождение мокроты не рекомендуется.

У госпитализированных пациентов с подозрением на COVID-19, чьи тесты МАНК показали отсутствие SARS-CoV-2, характерные признаки, обнаруженные с помощью лабораторных или визуальных методов, могут свидетельствовать в пользу клинического диагноза COVID-19и служить основанием для мероприятий инфекционного контроля (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): клинические особенности», раздел «Данные, полученные в лаборатории» и «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): клинические особенности», раздел «Данные, полученные визуальными методами»). Важно также рассмотреть другие возможные причины возникновения симптомов у пациентов с отрицательным результатом теста МАНК на SARS-CoV-2.

Для пациентов, у которых отначала заболевания прошло три-четыре недели и тест МАНК показал отрицательный результат, может оказаться информативной проверка серологическим тестом [20,21]. Если при таких обстоятельствах проводится серологический анализ, мы рекомендуем тест на IgG, также может оказаться полезен общий тест на антитела, но данные для этой ситуации ограничены. Реактивный IgG может предполагать наличие COVID-19, тогда как отрицательный результат теста может говорить о пониженной вероятности. Однако надежность результата серологического теста зависит от конкретного метода и длительности заболевания (см. «Использование серологических тестов для выявления инфекции на ранних и поздних стадиях» ниже).

Мероприятия по инфекционному контролю COVID-19 должны продолжаться все время, пока выполняется повторная оценка (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Пациенты с подозреваемым или подтвержденным COVID-19»).

Во многих случаях из-за ограниченной доступности тестирования и вероятности ложно-отрицательных результатов предварительный диагноз COVID-19 ставится на основе схожей клинической картины, когда есть риск заражения (проживание или поездки на территории, где распространена передача внутри сообщества или имеются известные контакты) и отсутствуют другие установленные причины.

Неопределенный результат МАНК. Интерпретация неоднозначного или неопределенного результата зависит от используемого теста МАНК. Врач должен посоветоваться с делавшей тест лабораторией относительно дополнительного тестирования.

В некоторых случаях неоднозначный или неопределенный результат говорит о том, что идентифицирован только один из двух или более генов, которые являются мишенью теста МАНК. Учитывая высокую специфичность методов МАНК такие результаты следует считать предварительно положительными. Если заболевание только начинается, для подтверждения может быть полезно повторное тестирование.

Тестирование на другие возбудители. Если в сообществе циркулирует грипп или респираторно-синцитиальный вирус (РСВ), имеет смысл одновременно с тестированием на SARS-CoV-2проводить тесты на эти вирусы, так как это может повлиять на лечение.

Однако выявление другого вирусного (или бактериального) возбудителя не обязательно исключаетSARS-CoV-2вместах, где он имеет широкое распространение. Описано одновременное инфицирование SARS-CoV-2 и другими респираторными вирусами, в том числе вирусом гриппа, но данные о частоте такого инфицирования неоднозначны [22-25].

Особые методы диагностики

Тесты МАНК (включая ОТ-ПЦР) для диагностики текущей инфекции

Типы тестов МАНК. Диагноз COVID-19ставится преимущественно на основе прямого определения РНКSARS-CoV-2с помощьютестирования МАНК, чаще всего методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) с образцами, взятыми из верхних дыхательных путей (Таблица 3) [13,26]. В мире используется ряд методов ОТ-ПЦР, разные методы амплифицируют и определяют разные области генома SARS-CoV-2. Одни методы направлены на два или более генов, в том числе на кодирующие нуклеокапсид (N), оболочку (E) и шиповидный белок (S), и на области в первой открытой рамке считывания, в том числе ген РНК-зависимой РНК-полимеразы [27]. Другие, менее распространенные, типы тестов МАНК включают изотермическую амплификацию, методы на основе системы CRISPR и секвенирование нового поколения [28,29].

Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и лекарственных средств США (FDA) выдало экстренное разрешение на применение большому количеству различных тестов МАНК [30]. Тестирование выполняется Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), местными департаментами здравоохранения, больничными лабораториями и отдельными коммерческими эталонными лабораториями. Для некоторых методов пациент может взять образец дома и затем передать в лабораторию [31,32]. Эти тесты имеют разную эффективность, требуют разных временных затрат для получения результата (от 15 минут до нескольких часов) и одобрены для разных типов образцов. Время ожидания врачом результата из лаборатории зависит от того, как часто ей приходится выполнять подобные тесты.

Совместное тестирование образцов с помощью МАНК (когда несколько образцов тестируются вместе и только если совместное тестирование показывает положительный результат, образцы тестируются повторно по отдельности) может увеличить производительность лаборатории [33-36]. Однако в условиях высокой распространенности заболевания такой подход не сэкономит ни время, ни ресурсы, так как частое повторное тестирование группы образцов, показавшей положительный результат, окажется очень трудоемким. Таким образом, совместное тестирование лучше зарезервировать для популяций с ожидаемой низкой распространенностью заболевания, например для лиц без симптомов, о которых неизвестно, что они подвергались контакту. Врачи должны понимать, что объединение образцов снижает чувствительность теста (тем существенней, чем больше образцов объединяется) и может увеличить время получения индивидуального положительного результата.

Разработаны также тесты МАНК, которые можно использовать по месту лечения, однако некоторые из них менее чувствительны, чем лабораторные тесты [28,37-39].

Точность. Точность и прогностическая значимость тестов МАНК для SARS-CoV-2не оценивались на систематической основе. Они являются высокоспецифичными тестами [40,41]. В идеальных условиях они показывают высокую аналитическую чувствительность (то есть способны точно определять низкие уровни вирусной РНК в тестовых образцах, о которых известно, что они содержат вирусную РНК), но их клиническая эффективность не так постоянна (Таблица 3).

Ложно-положительные результаты редки, но о них сообщалось в отношении некоторых платформ [42].

Доля описанных ложно-отрицательных результатов варьирует от менее 5 процентов до 40, однако эти оценки имеют ограничения, отчасти из-за того, что не существует безупречного стандартного образца для сравнения [43,44]. Например, в исследовании 51 пациента, которые были госпитализированы в Китае с лихорадкой или острыми респираторными симптомами и, главное, имели положительный результат теста ОТ-ПЦР на SARS-CoV-2 (преимущественно по смывам из горла), у 15 пациентов (29%) первичный тест оказался отрицательным, а диагноз был поставлен только после серии тестов [45]. В аналогичном исследовании 70 пациентов в Сингапуре, у 8 пациентов (11%) первичный назофарингеальный тест оказался отрицательным [46]. В обоих исследованиях лишь у незначительного числа пациентов отрицательный результат повторялся, а положительный появился только после четырех или более тестов. Однако были высказаны предположения и о меньшей доле ложно-отрицательных результатов. В исследовании 626 пациентов, которых повторно тестировали назофарингеальным ОТ-ПЦР в течение семи дней после первичного отрицательного теста в двух крупных медицинских центрах в Соединенных Штатах, 3,5% повторных тестов оказались положительными [44].

Чувствительность тестирования, по-видимому, зависит от типа и качества полученных образцов, продолжительности болезни на момент тестирования и конкретного метода:

  • Эффективность теста в зависимости от типа образцов. Существует ограниченное количество данных, сравнивающих точность тестирования, но они предполагают, что чувствительность теста может меняться в зависимости от типа образца. Образцы из нижних дыхательных путей могут иметь более высокую вирусную нагрузку и с большей вероятностью приводить к положительному результату тестов, чем образцы из верхних дыхательных путей [47,48]. По данным исследования 205 пациентов с COVID-19, образцы которых собирались в разных регионах, максимальная доля положительных тестов на вирусную РНК была обнаружена для бронхоальвеолярного лаважа (95%, 14 из 15 образцов) и мокроты (72%, 72 из 104 образцов) по сравнению с орофарингеальным смывом (32%, 126 из 398 образцов) [47].

В некоторых исследованиях предположили, что в назальных образцах уровни вирусной РНК выше и она обнаруживается чаще, чем в орофарингеальных [47,49]. Например, в одном из исследований одновременно тестировалось 117 пар назофарингеальных и орофарингеальных образцов от 12 пациентов, в 32 парах обнаружились несовпадения: один тест был положительный, другой — отрицательный; назофарингеальные образцы дали положительный результат в 66% этих пар по сравнению с 34% для орофарингеальных образцов [49]. Однако другие исследования не обнаружили более высокие уровни вирусной РНК в назофарингеальных образцах по сравнению с орофарингеальными [16].

Образцы, собираемые самим пациентом, позволяют снизить потребность в средствах индивидуальной защиты, так как в этом случае медицинский работник не участвует напрямую в сборе образцов. Точность тестов МАНК представляется достаточно высокой для некоторых типов образцов, собираемых самим пациентом (то есть назальных смывов и образцов слюны). Чувствительность тестов МАНК для назальных и взятых из средней носовой раковины образцов, собираемых самим пациентом, может быть сопоставима с чувствительностью для назофарингеальных образцов, собираемых медицинским работником [50,51]. Результаты исследования, в котором сравнивалась эффективность ОТ-ПЦР для таких образцов, полученных от примерно 500 пациентов, показали, что чувствительность для назальных и взятых из средней носовой раковины образцов по сравнению с назофарингеальными образцами составляет 94 и 96 процентов, соответственно [50].

Исследования предполагают, что относительная чувствительность для образцов слюны, собираемых самими пациентами, по сравнению с назофарингеальными образцами составляет 85 процентов и более [52-60]. По данным одного из исследований, в котором участвовали 70 пациентов, госпитализированных с COVID-19и проходивших повторное тестирование каждые несколько дней, тест ОТ-ПЦР для первой утренней слюны (в количестве достаточном, чтобы наполнить на одну треть стерильную чашку) показывал уровни вирусной РНК на 0,5 единиц логарифмической шкалы выше, чем для назофарингеальных образцов, и был чаще положительным в первые 10 дней [58]. Оптимальный метод сбора слюны неизвестен, и в данных исследованиях инструкции для него разнятся.

  • Эффективность теста в зависимости от продолжительности болезни. Вероятность обнаружения РНК SARS-CoV-2 может также изменяться в зависимости от продолжительности болезни [61,62]. По данным анализа семи исследований (в том числе двух неопубликованных сообщений), в которых оценивалась эффективность ОТ-ПЦР в зависимости от того, сколько прошло времени с момента появления симптомов или заражения, расчетная доля ложно-отрицательных результатов составляла 100 процентов на день воздействия, 38 процентов на 5-й день (считался первым днем появления симптомов), 20 процентов на 8-й день и 66 процентов на 21-й день [61]. Разнородность исследований и допущения, сделанные в анализе (например, относительно инкубационного периода и времени воздействия), снижают доверие к этим результатам. В одном из включенных в него исследований для постановки диагноза COVID-19использовалось сочетание ОТ-ПЦР и серологического теста на IgM, в соответствии с результатами доля отрицательных ОТ-ПЦР составляла <10 процентов на 1-3-й дни болезни, >20 процентов на 6-й день и >50 процентов после 14-го дня; однако эти результаты также нужно интерпретировать с осторожностью, так как использованный серологический тест не был валидирован для определения острой инфекции, а тесты на IgM часто оказываются ложно-положительными [62]. Другие исследования также предположили, что высокие уровни вирусной РНК наблюдаются до появления симптомов (то есть у пресимптоматических пациентов) [63]. См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», раздел «Выделение вируса и контагиозный период».

Данные об эффективности тестов и уровнях вирусной РНК у бессимптомных пациентов ограничены [63]. Неизвестно, как быстро можно обнаружить вирусную РНК после контакта и инфицирования.

  • Эффективность теста в зависимости от метода. Основные коммерческие тесты МАНК различаются также порогами чувствительности, и повторное тестирование образцов на других платформах может приводить к конфликтующим результатам [40,41]. К тому же тесты МАНК, используемые по месту лечения, могут быть не такими чувствительными, как тесты, выполненные в лаборатории [37,38,64]. В сделанном в августе 2020 г. систематическом обзоре 11 исследований, оценивающих четыре предназначенных для использования по месту лечения быстрых молекулярных теста с образцами, для которых был подтвержден SARS-CoV-2, чувствительность варьировала от 68 до 100 процентов, со средним 95,2 процента [38]. Однако большинство исследований оцениваются как имеющие высокий риск систематической ошибки.

Циклический порог. Циклический порог (ЦП) — количество циклов при ОТ-ПЦР анализе, необходимое для амплификации вирусной РНК, чтобы она достигла поддающегося обнаружению уровня. Таким образом, значение ЦП может указывать на относительный уровень вирусной РНК в образце (при этом чем ниже значение ЦП, тем выше уровень вирусной РНК). Лаборатории, как правило, не сообщают значение ЦП вместе с качественным результатом МАНК, но его можно получить по запросу для некоторых тестовых платформ. Однако клиническое применение ЦП остается неясным. Значения ЦП не стандартизированы для различных ОТ-ПЦР платформ, поэтому нельзя сравнить результаты различных тестов. Кроме того, использование значений ЦП для принятия решений относительно лечения не валидировано клиническими исследованиями.

Тестирование на антитела как альтернатива тестов МАНК. Тесты, определяющие антитела к SARS-CoV-2, могут быть выполнены оперативно и по месту лечения, что делает их более доступными и дающими более быстрый результат, чем некоторые тесты МАНК. Однако данные относительно эффективности тестирования на антитела для SARS-CoV-2 ограничены, и такое тестирование, как правило, менее чувствительно, чем МАНК (Таблица 3). Врачам следует помнить, что тесты на антитела могут показывать ложно-отрицательные результаты, отрицательный результат теста на антитела не исключает инфицирование SARS-CoV-2. При высокой клинической настороженности отрицательный результат теста на антитела должен быть подтвержден с помощью чувствительного теста МАНК [65].

Хотя тест на антитела не способен определить вирус при таких же низких уровнях, как тест МАНК, он все же может оказаться полезен на ранних стадиях инфицирования, когда репликация вируса достигает максимума. ВОЗ отмечает, что в условиях, когда тест МАНК недоступен или временные затраты на его выполнение слишком большие, чтобы результаты были полезны с точки зрения лечения, для диагностики COVID-19 может использоваться тест на антитела, имеющий минимальную чувствительность ≥80 процентов и специфичность ≥97 процентов; в этих случаях тест нужно провести в течение первых 5-7 дней после появления симптомов [66].

Тесты на антитела также могут оказаться полезны в условиях вспышки эпидемии и для повторной проверки лиц, проживающих в плотнонаселенных местах с высоким риском заражения, чтобы вовремя обнаружить инфицированных SARS-CoV-2 и изолировать их. Моделирующие исследования предположили, что при достаточно частом тестировании даже тесты с низкой чувствительностью могут успешно использоваться для снижения общей доли зараженных [67].

Некоторые производители продают тесты на антитела, которые могут быть выполнены оперативно по месту лечения, и в Соединенных Штатах FDA выдало экстренные разрешения на применение некоторых тестов на антитела, которые выполняются с использованием назальных смывов[68].

Ограничения чувствительности тестов на антитела были показаны в вышедшем в августе 2020 года систематическом обзоре пяти исследований, в которых шесть тестов на антитела оценивались с использованием образцов, для которых был подтвержден SARS-CoV-2, чувствительность при этом сильно варьировала (в диапазоне от 0 до 94 процентов) со средним значением 56,2 процента [38]. Средняя чувствительность была выше (93 процента) для образцов с высокой вирусной нагрузкой. В общем средняя специфичность составила 99,5 процентов. Среди тестов, включенных в этот обзор, не было ни одного с экстренным разрешением на применение в Соединенных Штатах.

Использование серологических тестов для выявления инфекции на ранних и поздних стадиях. Серологические тесты определяют наличие в крови антител к SARS-CoV-2. Те из них, которые надлежащим образом валидированы, могут быть полезны для выявления как пациентов, ранее инфицированных SARS-CoV-2, так и пациентов с текущей инфекцией, у которых симптомы продолжаются три-четыре недели (Таблица 3). Так как менее вероятно, что серологические тесты окажутся реактивными с первых дней после инфицирования и останутся таковыми в течение нескольких недель, они имеют очень ограниченное применение для постановки диагноза в острой фазе [26,69,70]. Точность тестирования оптимизируется контрольной серологией через три-четыре недели после возникновения симптомов, так как чувствительность теста, проведенного позже, чем через пять недель, неизвестна [21].

Мы предлагаем использовать тесты на антитела IgG или общие тесты на антитела, а не тесты на антитела IgM, антитела IgA или дифференциацию IgM/IgG, так как их точность выше; это согласуется с рекомендациями Американского общества инфекционных заболеваний (IDSA)[21]. Чтобы максимально повысить прогностическую значимость серологического теста, следует использовать методы с высокой специфичностью (≥99,5 процентов) и тестировать лиц с высокой предтестовой вероятностью предшествующей инфекции. CDC также предлагает в качестве альтернативной стратегии использовать двухступенчатый алгоритм, в котором первичный положительный тест подтверждается вторым, отличным от первого, тестом на антитела [69]. В местах с низкой серопревалентностью или низкой предтестовой вероятностью инфекции индивидуальные результаты следует интерпретировать с осторожностью, так как в этом случае даже тесты с высокой специфичностью все равно имеют низкую положительную прогностическую значимость (то есть положительный тест может оказаться как ложно-положительным, так и истинно-положительным) [71].

В Соединенных Штатах FDA выдало экстренное разрешение на применение нескольких серологических тестов [30]. Это тесты на связанные антитела, которые определяют антитела к SARS-CoV-2 (нуклеокапсид или шиповидный белок), сюда относятся тесты, которые могут выполняться по месту лечения, и тесты, требующие специального оборудования и обученного лабораторного персонала. Чувствительность и специфичность многих из этих серологических тестов остается неизвестной. Их каталог можно найти на centerforhealthsecurity.org. Также FDA независимо оценивает точность отдельных серологических тестов на COVID-19 и публикует результаты на своем сайте.

Появление антител, которые поддаются обнаружению, обычно занимает от нескольких дней до недель, время до момента их обнаружения зависит от теста [62,72-74]. В систематическом обзоре 38 исследований, которые оценивали чувствительность серологического тестирования по времени, прошедшему с момента возникновения симптомов у пациентов с COVID-19, IgM определялся в 23 процентах спустя неделю, в 58 процентах через две недели и в 75 процентах — через три недели; соответствующие доли определения IgG составили 30, 66 и 88 процентов [75]. Другие исследования предположили, что доля положительного IgG приближается к 100 процентам к 16-20-му дням [20,76,77].

Однако в этих исследованиях использовались различные серологические тесты, в том числе разработанные в лаборатории тесты для домашнего применения, и их чувствительность в различных временных рамках существенно варьировала. В частности, некоторые методы иммунохроматографического анализа (которые используются для тестов на месте) менее чувствительны, чем методы ферментного иммуносорбентного анализа или хемилюминесцентного иммунологического анализа [78].

Специфичность также варьирует в зависимости от типа серологического метода. По сравнению с тестами на антитела IgG и общими тестами на антитела, тесты на антитела IgM, антитела IgA и дифференциацию IgM/IgG, как правило, имеют специфичность ниже 99 процентов [21]. Проблемой может быть кросс-реактивность с другими коронавирусами и иными вирусными возбудителями [79].

Как долго антитела остаются доступными для обнаружения, неясно. По данным некоторых исследований у большей части пациентов антитела не обнаруживаются уже через три месяца после инфицирования [80-83], в то время как другие исследования сообщают о продолжительных, поддающихся обнаружению уровнях IgG и через три-четыре месяца после инфицирования в большинстве случаев [84-86]. Например, в одном из исследований было отмечено, что уровни IgG уменьшались на медиану в приблизительно 75 процентах случаев с острой фазы заболевания до ранней фазы выздоровления, и через восемь недель после инфицирования у 40 процентов пациентов без симптомов и 13 процентов с симптомами не обнаруживались IgG [80].Напротив, в другом исследовании 1107 человек с положительным результатом молекулярного тестирования на SARS-CoV-2, проводившемся в Исландии, общие тесты на антитела оказались реактивными в 90 процентах случаев, при этом титры увеличивались в течение первых двух месяцев после постановки диагноза и оставались стабильными в следующие два месяца [84]. Продолжительность периода, в течение которого антитела поддаются обнаружению, по-видимому, зависит как от степени первичной выработки антител, так и от тяжести инфекции.

Масштабный серологический скрининг с использованием валидированных тестов мог бы обеспечить более качественное измерение активности болезни (через выявление людей, которым не был поставлен диагноз методом ОТ-ПЦР или у которых, возможно, отсутствовали симптомы или была скрытая инфекция), а также выявить тех, у кого может быть иммунитет к инфекции; однако серологические корреляты защитного иммунитета остаются неопределенными. До тех пор пока не появятся новые данные, CDC рекомендует не использовать результаты теста на антитела для организации размещения в условиях повышенной плотности проживания (например, в общежитиях или тюрьмах), принятия решений о возвращении на работу или изменения требований к работе и средствам индивидуальной защиты для работников здравоохранения и служб быстрого реагирования [69]. См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», раздел «Выделение вируса и контагиозный период» и «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», раздел «Иммунитет после инфекции».

Другие тесты

ОСОБЫЕ СЛУЧАИ

Тестирование на COVID-19 труднодоступно. В некоторых случаях тестирование на COVID-19 может оказаться недоступно, особенно для тех, у кого заболевание имеет схожую, но стертую симптоматику и не требует госпитализации, и для тех, у кого не было известного случая контакта с инфицированными COVID-19 или истории поездок, связанных с высоким риском инфекции.

В Соединенных Штатах официальные инструкции относительно подобных ситуаций носят ограниченный характер, и подход может разниться в зависимости от распространенности COVID-19 на данной территории. Если у врача достаточно оснований, чтобы подозревать COVID-19 (например, есть передача внутри сообщества и нет других очевидных причин появления симптомов), целесообразно исходить из того, что у пациента COVID-19, и посоветовать ему самоизолироваться дома (если нет необходимости в госпитализации) и связаться с врачом в случае ухудшения симптомов. Амбулаторное лечение COVID-19 подробно обсуждается в других статьях. См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): амбулаторное лечение у взрослых», раздел «Лечение и консультирование всех амбулаторных пациентов» и «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Инфекционный контроль в домашних условиях».

Прекращение профилактических мер. Тестирование с целью определения продолжительности мер инфекционного контроля для пациентов с подтвержденным COVID-19 подробно обсуждается в другой статье. См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Прекращение профилактических мер».

Постоянный или повторяющийся позитивный тест МАНК. У пациентов с диагнозом COVID-19 достаточный для обнаружения уровень РНК SARS-CoV-2 в образцах из верхних дыхательных путей может сохраняться в течение недель после появления симптомов [15]. У некоторых пациентов с диагнозом COVID-19 также хорошо описан повторяющийся после нескольких отрицательных положительный результат тестирования методом амплификации нуклеиновых кислот (МАНК).

Однако продолжающееся или повторяющееся обнаружение вирусной РНК не обязательно свидетельствует о продолжающейся зараженности. У пациентов с нетяжелой формой инфекции и у тех, чьи симптомы исчезли, выделение патогенного вируса из образцов, взятых из верхних дыхательных путей более чем через 10 дней после начала заболевания, было зафиксировано лишь в редких случаях [17,88,89]. К тому же, в период выздоровления уровни вирусной РНК, если они поддаются обнаружению, ниже, чем те, которые определяются в острый период заболевания, и исследования предполагают, что патогенный вирус нельзя обнаружить, если его содержание ниже определенного вирусного порога [88]. Эти данные и их последствия для прекращения превентивных мер, связанных с изоляцией, подробно обсуждаются в других статьях. См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», раздел «Выделение вируса и контагиозный период» и «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Прекращение профилактических мер».

Остается неясным, как интерпретировать результаты положительного теста у тех, кто вылечился от лабораторно подтвержденного COVID-19 и проходит тестирование МАНК повторно из-за новых симптомов. Исследования предполагают, что повторные положительные тесты МАНК вскоре после выздоровления от COVID-19 не говорят о новом заражении (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): эпидемиология, вирусология и профилактика», раздел «Иммунитет после инфекции»). Однако представления о защитном иммунитете к SARS-CoV-2 остаются неполными, и возможность повторного заражения не исключается. Центры по контролю и профилактике заболеваний СШАпредлагают рассматривать возможность повторного заражения, если у пациента положительный тест МАНК более чем через три месяца после первичного заражения, и в этом случае ему следует повторить изоляцию, также необходимо отследить его близкие контакты; положительный тест в течение трех месяцев после появления первичного заражения с меньшей вероятностью свидетельствует о повторном заражении [88].

Мультисистемный воспалительный синдром у детей. В случаях подозрения на мультисистемный воспалительный синдром у детей и подростков тестирование на SARS-CoV-2 включает как тест МАНК, так и серологию. У многих детей с этим синдромом обнаруживаются антитела к SARS-CoV-2, но тест МАНК показывает отрицательный результат. Постановка диагноза и обследование при мультисистемном воспалительном синдроме обсуждается в другой статье. См. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): мультисистемный воспалительный синдром у детей: клинические особенности, обследование и диагностика», раздел «Обследование».

Ссылки на рекомендации профессиональных сообществ

Ссылки на рекомендации общественных и поддерживаемых правительством организаций отдельных стран и регионов мира представлены отдельно. См. «Ссылки на рекомендации профессиональных обществ: Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19) — Рекомендации общественных и поддерживаемых правительством организаций», «Ссылки на рекомендации профессиональных обществ: Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19) — Руководства для специализированной помощи» и «Ссылки на рекомендации профессиональных обществ: Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19) — «Ресурсы для пациентов».

Информация для пациентов

UpToDate предлагает два типа образовательных материалов для пациентов: «Основы» и «Дополнительные сведения». «Основы» написаны простым языком, доступным для учеников 5-6 классов, и содержат ответы на четыре-пять ключевых вопросов, которые могут возникнуть у пациента в связи с данным состоянием. Эти статьи лучше всего подходят пациентам, которым необходима общая информация и которые предпочитают короткие, простые для чтения материалы. «Дополнительные сведения» более длинные, сложные и подробные. Эти статьи написаны для уровня 10–11 классов и лучше подходят для пациентов, которые хотят углубиться в материал и свободно ориентируются в некоторых медицинских терминах.

Здесь представлены образовательные статьи, которые имеют отношение к данной теме. Мы рекомендуем вам распечатать эти материалы или разослать их по электронной почте вашим пациентам. Вы также можете найти образовательные статьи для пациентов на самые разные темы, набрав в поисковой системе «информация для пациентов» и интересующие вас ключевые слова.

РЕЗЮМЕ И РЕКОМЕНДАЦИИ

  • Вероятность коронавирусной болезни 2019 (COVID-19) следует рассматривать у пациентов с характерными симптомами (Таблица 1), особенно с лихорадкой и/или симптомами поражения дыхательных путей, которые проживали или путешествовали по территориям с передачей в сообществе или недавно близко контактировали с подтвержденным или подозреваемым случаем COVID-19. Врачам также следует обращать внимание на вероятность COVID-19 у пациентов с тяжелыми респираторными заболеваниями, когда другая этиология не может быть установлена (см. «Клиническая настороженность» выше).
  • Все симптомные пациенты с подозрением на COVID-19 должны, по возможности, пройти тестирование на коронавирус, вызывающий тяжелый острый респираторный синдром — 2 (SARS-CoV-2). Однако тестирование всех пациентов с подозрением на инфекцию может оказаться невозможным из-за ограничений, связанных с производительностью тестов; предлагается отдавать приоритет госпитализированным пациентам и лицам с симптомами, которые являются сотрудниками медицинских учреждений или служб экстренного реагирования, работают или проживают в условиях большого скопления людей или имеют факторы риска заболевания в тяжелой форме (Таблица 2). См. «Кого тестировать» выше.
  • Для первичной диагностики COVID-19 в первую очередь используется тестирование методом амплификации нуклеиновых кислот (МАНК), в большинстве случаев в сочетании с методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), позволяющим определить наличие РНК SARS-CoV-2 в верхних дыхательных путях. В некоторых случаях для первичной диагностики может использоваться тест на антитела, но такие тесты менее чувствительны, чем МАНК, и их отрицательные результаты обычно требуют подтверждения с помощью МАНК (см. «Первичное тестирование и сбор образцов» выше).
  • Положительный тест МАНК на SARS-CoV-2 подтверждает диагноз COVID-19 (см. «Положительный результат теста МАНК» выше).
  • Для многих лиц с симптомами достаточно единственного отрицательного результата теста МАНК, чтобы исключить диагноз COVID-19. Однако если первичный тест отрицательный, но сохраняются сильные подозрения на COVID-19 и подтверждение наличия инфекции важно для лечения или инфекционного контроля, мы рекомендуем повторить тест. В отдельных случаях в качестве дополнительного диагностического теста может быть использован МАНК с образцами из нижних дыхательных путей (для госпитализированных пациентов с признаками заболевания нижних дыхательных путей) или серология (для пациентов с симптомами, продолжающимися как минимум две недели). См. «Отрицательный результат теста МАНК» выше.
  • Показания для тестирования лиц без симптомов включают близкий контакт с инфицированным COVID-19, скрининг в местах скопления людей (например, в учреждениях длительного пребывания, исправительных учреждения и местах лишения свободы, приютах для бездомных) и скрининг госпитализированных пациентов на территориях с высоким распространением заболевания. Мы рекомендуем проводить постконтактное тестирование через 5-7 дней после контакта, хотя оптимальное время остается неясным (см. «Отбор лиц без симптомов» выше).
  • Тесты МАНК определяют РНК SARS-CoV-2 в образцах, взятых у пациентов, и являются высокоспецифичными (Таблица 3). Хотя эти тесты способны определить низкие уровни вирусной РНК, в клинических условиях их чувствительность, по-видимому, зависит от типа и качества полученного образца, продолжительности болезни на момент тестирования и конкретного метода. Расчетная доля ложно-отрицательных результатов варьирует от менее чем 5 до 40 процентов. См. «Тесты МАНК (включая ОТ-ПЦР) для диагностики текущей инфекции» выше.
  • Серологические тесты определяют наличие в крови антител к SARS-CoV-2 и могут быть полезны для выявления пациентов, у которых ранее был COVID-19(Таблица 3). Появление поддающихся обнаружению антител обычно занимает от нескольких дней до недель, таким образом, в острой фазе заболевания серологические тесты имеют меньшую диагностическую ценность. Серологические тесты следует использовать с осторожностью из-за колебаний эффективности в зависимости от доступных методов, возможной низкой положительной прогностической ценности в условиях низкой серопревалентности и неясных серологических коррелятов иммунитета (см. «Использования серологических тестов для выявления инфекции на ранних и поздних стадиях»).
  • При подозрении на COVID-19 следует вводить меры инфекционного контроля. Инфекционный контроль в домашних условиях и в медицинских учреждениях подробно обсуждается в другой статье (см. «Коронавирусная болезнь 2019 (COVID-19): инфекционный контроль в здравоохранении и домашних условиях», раздел «Инфекционный контроль в домашних условиях»).
  • Временные руководства были выпущены Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) и Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), а также другими экспертными организациями. Эти руководства постоянно обновляются. Ссылки на них можно найти в другом разделе (см. «Ссылки на рекомендации профессиональных обществ» выше).

Ссылки

  1. World Health Organization. Director-General's remarks at the media briefing on 2019-nCoV on 11 February 2020. http://www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-s-remarks-at-the-media-briefing-on-2019-ncov-on-11-february-2020 (Accessed on February 12, 2020).
  2. Centers for Disease Control and Prevention. 2019 Novel coronavirus, Wuhan, China. Information for Healthcare Professionals. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/hcp/index.html (Accessed on February 14, 2020).
  3. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV) technical guidance. https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance (Accessed on February 14, 2020).
  4. Struyf T, Deeks JJ, Dinnes J, et al. Signs and symptoms to determine if a patient presenting in primary care or hospital outpatient settings has COVID-19 disease. Cochrane Database Syst Rev 2020; 7:CD013665.
  5. Cohen PA, Hall LE, John JN, Rapoport AB. The Early Natural History of SARS-CoV-2 Infection: Clinical Observations From an Urban, Ambulatory COVID-19 Clinic. Mayo Clin Proc 2020; 95:1124.
  6. Tostmann A, Bradley J, Bousema T, et al. Strong associations and moderate predictive value of early symptoms for SARS-CoV-2 test positivity among healthcare workers, the Netherlands, March 2020. Euro Surveill 2020; 25.
  7. Makaronidis J, Mok J, Balogun N, et al. Seroprevalence of SARS-CoV-2 antibodies in people with an acute loss in their sense of smell and/or taste in a community-based population in London, UK: An observational cohort study. PLoS Med 2020; 17:e1003358.
  8. Infectious Diseases Society of America. COVID-19 Prioritization of Diagnostic Testing. https://www.idsociety.org/globalassets/idsa/public-health/covid-19-prioritization-of-dx-testing.pdf (Accessed on March 22, 2020).
  9. Centers for Disease Control and Prevention. Overview of Testing for SARS-CoV-2. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/testing-overview.html (Accessed on September 21, 2020).
  10. Infectious Diseases Society of America Guidelines on the Diagnosis of COVID-19, May 5, 2020. https://www.idsociety.org/practice-guideline/covid-19-guideline-diagnostics/ (Accessed on May 07, 2020).
  11. Centers for Disease Control and Prevention. Interim Guidance of Developing a COVID-19 Case Investigation and Contact Tracing Plan. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/case-investigation-contact-tracing.pdf (Accessed on June 19, 2020).
  12. European Society for Blood and Marrow Transplantation. COVID-19 anbd BMT. https://www.ebmt.org/covid-19-and-bmt (Accessed on June 10, 2020).
  13. Patel A, Jernigan DB, 2019-nCoV CDC Response Team. Initial Public Health Response and Interim Clinical Guidance for the 2019 Novel Coronavirus Outbreak - United States, December 31, 2019-February 4, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020; 69:140.
  14. Centers for Disease Control and Prevention. Interim Guidelines for Collecting, Handling, and Testing Clinical Specimens from Persons Under Investigation (PUIs) for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab/guidelines-clinical-specimens.html (Accessed on October 15, 2020).
  15. He X, Lau EHY, Wu P, et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nat Med 2020; 26:672.
  16. Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature 2020; 581:465.
  17. Centers for Disease Control and Prevention. Symptom-Based Strategy to Discontinue Isolation for Persons with COVID-19: Decision Memo. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/community/strategy-discontinue-isolation.html (Accessed on May 04, 2020).
  18. World Health Organization. Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance: Surveillance and case definitions. https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/surveillance-and-case-definitions (Accessed on February 28, 2020).
  19. World Health Organization. Diagnostic testing for SARS-CoV-2. Interim guidance. https://www.who.int/publications/i/item/diagnostic-testing-for-sars-cov-2 (Accessed on September 21, 2020).
  20. Caturegli G, Materi J, Howard BM, Caturegli P. Clinical Validity of Serum Antibodies to SARS-CoV-2 : A Case-Control Study. Ann Intern Med 2020; 173:614.
  21. Hansen KE, Caliendo AM, Arias CA, et al. Infectious Diseases Society of America Guidelines on the Diagnosis of COVID-19: Serologic Testing. Auguest 18, 2020 https://www.idsociety.org/practice-guideline/covid-19-guideline-serology/ (Accessed on August 19, 2020).
  22. Wu X, Cai Y, Huang X, et al. Co-infection with SARS-CoV-2 and Influenza A Virus in Patient with Pneumonia, China. Emerg Infect Dis 2020; 26:1324.
  23. Ding Q, Lu P, Fan Y, et al. The clinical characteristics of pneumonia patients coinfected with 2019 novel coronavirus and influenza virus in Wuhan, China. J Med Virol 2020.
  24. Kim D, Quinn J, Pinsky B, et al. Rates of Co-infection Between SARS-CoV-2 and Other Respiratory Pathogens. JAMA 2020; 323:2085.
  25. Richardson S, Hirsch JS, Narasimhan M, et al. Presenting Characteristics, Comorbidities, and Outcomes Among 5700 Patients Hospitalized With COVID-19 in the New York City Area. JAMA 2020; 323:2052.
  26. Fang FC, Naccache SN, Greninger AL. The Laboratory Diagnosis of COVID-19-- Frequently-Asked Questions. Clin Infect Dis 2020.
  27. World Health Organization. Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases. https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-in-suspected-human-cases-20200117 (Accessed on April 22, 2020).
  28. Joung J, Ladha A, Saito M, et al. Detection of SARS-CoV-2 with SHERLOCK One-Pot Testing. N Engl J Med 2020; 383:1492.
  29. Brandsma E, Verhagen HJMP, van de Laar TJW, et al. Rapid, sensitive and specific SARS coronavirus-2 detection: a multi-center comparison between standard qRT-PCR and CRISPR based DETECTR. J Infect Dis 2020.
  30. US Food and Drug Administration. Emergency Use Authorizations. https://www.fda.gov/medical-devices/emergency-situations-medical-devices/emergency-use-authorizations (Accessed on April 16, 2020).
  31. US Food and Drug Administration. https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-authorizes-first-test-patient-home-sample-collection (Accessed on April 22, 2020).
  32. US Food and Drug Administration. https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-authorizes-first-standalone-home-sample-collection-kit-can-be-used (Accessed on May 18, 2020).
  33. Hogan CA, Sahoo MK, Pinsky BA. Sample Pooling as a Strategy to Detect Community Transmission of SARS-CoV-2. JAMA 2020; 323:1967.
  34. Yelin I, Aharony N, Shaer Tamar E, et al. Evaluation of COVID-19 RT-qPCR test in multi-sample pools. Clin Infect Dis 2020.
  35. Abdalhamid B, Bilder CR, McCutchen EL, et al. Assessment of Specimen Pooling to Conserve SARS CoV-2 Testing Resources. Am J Clin Pathol 2020; 153:715.
  36. Pilcher CD, Westreich D, Hudgens MG. Group Testing for Severe Acute Respiratory Syndrome- Coronavirus 2 to Enable Rapid Scale-up of Testing and Real-Time Surveillance of Incidence. J Infect Dis 2020; 222:903.
  37. US Food and Drug Administration. Coronavirus (COVID-19) Update: FDA Informs Public About Possible Accuracy Concerns with Abbott ID NOW Point-of-Care Test https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-informs-public-about-possible-accuracy-concerns-abbott-id-now-point (Accessed on May 19, 2020).
  38. Dinnes J, Deeks JJ, Adriano A, et al. Rapid, point-of-care antigen and molecular-based tests for diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Cochrane Database Syst Rev 2020; 8:CD013705.
  39. Gibani MM, Toumazou C, Sohbati M, et al. Assessing a novel, lab-free, point-of-care test for SARS-CoV-2 (CovidNudge): a diagnostic accuracy study. Lancet Microbe 2020.
  40. Nalla AK, Casto AM, Huang MW, et al. Comparative Performance of SARS-CoV-2 Detection Assays Using Seven Different Primer-Probe Sets and One Assay Kit. J Clin Microbiol 2020; 58.
  41. Lieberman JA, Pepper G, Naccache SN, et al. Comparison of Commercially Available and Laboratory-Developed Assays for In Vitro Detection of SARS-CoV-2 in Clinical Laboratories. J Clin Microbiol 2020; 58.
  42. False Positive Results with BD SARS-CoV-2 Reagents for the BD Max System - Letter to Clinical Laboratory Staff and Health Care Providers. https://www.fda.gov/medical-devices/letters-health-care-providers/false-positive-results-bd-sars-cov-2-reagents-bd-max-system-letter-clinical-laboratory-staff-and (Accessed on July 10, 2020).
  43. Weissleder R, Lee H, Ko J, Pittet MJ. COVID-19 diagnostics in context. Sci Transl Med 2020; 12.
  44. Long DR, Gombar S, Hogan CA, et al. Occurrence and Timing of Subsequent SARS-CoV-2 RT-PCR Positivity Among Initially Negative Patients. Clin Infect Dis 2020.
  45. Fang Y, Zhang H, Xie J, et al. Sensitivity of Chest CT for COVID-19: Comparison to RT-PCR. Radiology 2020; 296:E115.
  46. Lee TH, Lin RJ, Lin RTP, et al. Testing for SARS-CoV-2: Can We Stop at Two? Clin Infect Dis 2020.
  47. Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA 2020; 323:1843.
  48. Yu F, Yan L, Wang N, et al. Quantitative Detection and Viral Load Analysis of SARS-CoV-2 in Infected Patients. Clin Infect Dis 2020; 71:793.
  49. COVID-19 Investigation Team. Clinical and virologic characteristics of the first 12 patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in the United States. Nat Med 2020; 26:861.
  50. Tu YP, Jennings R, Hart B, et al. Swabs Collected by Patients or Health Care Workers for SARS-CoV-2 Testing. N Engl J Med 2020; 383:494.
  51. McCulloch DJ, Kim AE, Wilcox NC, et al. Comparison of Unsupervised Home Self-collected Midnasal Swabs With Clinician-Collected Nasopharyngeal Swabs for Detection of SARS-CoV-2 Infection. JAMA Netw Open 2020; 3:e2016382.
  52. Cheuk S, Wong Y, Tse H, et al. Posterior oropharyngeal saliva for the detection of SARS-CoV-2. Clin Infect Dis 2020.
  53. Jamal AJ, Mozafarihashjin M, Coomes E, et al. Sensitivity of nasopharyngeal swabs and saliva for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Clin Infect Dis 2020.
  54. Pasomsub E, Watcharananan SP, Boonyawat K, et al. Saliva sample as a non-invasive specimen for the diagnosis of coronavirus disease 2019: a cross-sectional study. Clin Microbiol Infect 2020.
  55. Williams E, Bond K, Zhang B, et al. Saliva as a Noninvasive Specimen for Detection of SARS-CoV-2. J Clin Microbiol 2020; 58.
  56. Rao M, Rashid FA, Sabri FSAH, et al. Comparing nasopharyngeal swab and early morning saliva for the identification of SARS-CoV-2. Clin Infect Dis 2020.
  57. Otto MP, Darles C, Valero E, et al. Posterior oropharyngeal salivafor the detection of SARS-CoV-2. Clin Infect Dis 2020.
  58. Wyllie AL, Fournier J, Casanovas-Massana A, et al. Saliva or Nasopharyngeal Swab Specimens for Detection of SARS-CoV-2. N Engl J Med 2020; 383:1283.
  59. Caulley L, Corsten M, Eapen L, et al. Salivary Detection of COVID-19. Ann Intern Med 2020.
  60. Yokota I, Shane PY, Okada K, et al. Mass screening of asymptomatic persons for SARS-CoV-2 using saliva. Clin Infect Dis 2020.
  61. Kucirka LM, Lauer SA, Laeyendecker O, et al. Variation in False-Negative Rate of Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction-Based SARS-CoV-2 Tests by Time Since Exposure. Ann Intern Med 2020; 173:262.
  62. Guo L, Ren L, Yang S, et al. Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-19). Clin Infect Dis 2020; 71:778.
  63. Furukawa NW, Brooks JT, Sobel J. Evidence Supporting Transmission of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 While Presymptomatic or Asymptomatic. Emerg Infect Dis 2020; 26.
  64. McDonald S, Courtney DM, Clark AE, et al. Diagnostic Performance of a Rapid Point-of-care Test for SARS-CoV-2 in an Urban Emergency Department Setting. Acad Emerg Med 2020.
  65. Centers for Disease Control and Prevention. Interim guidance for rapid antigen testing for SARS-CoV-2. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antigen-tests-guidelines.html?deliveryName=USCDC_2067-DM35559#table2 (Accessed on August 17, 2020).
  66. World Health Organization. Antigen-detection in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection using rapid immunoassays. Interim guidance. https://www.who.int/publications/i/item/antigen-detection-in-the-diagnosis-of-sars-cov-2infection-using-rapid-immunoassays (Accessed on September 21, 2020).
  67. Paltiel AD, Zheng A, Walensky RP. Assessment of SARS-CoV-2 Screening Strategies to Permit the Safe Reopening of College Campuses in the United States. JAMA Netw Open 2020; 3:e2016818.
  68. US Food and Drug Administration Statement: Coronavirus (COVID-19) Update: FDA Authorizes First Antigen Test to Help in the Rapid Detection of the Virus that Causes COVID-19 in Patients. https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/coronavirus-covid-19-update-fda-authorizes-first-antigen-test-help-rapid-detection-virus-causes (Accessed on May 12, 2020).
  69. Centers for Disease Control and Prevention. Interim Guidelines for COVID-19 Antibody Testing in Clinical and Public Health Settings https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antibody-tests-guidelines.html?deliveryName=USCDC_2067-DM29085 (Accessed on May 26, 2020).
  70. Cheng MP, Yansouni CP, Basta NE, et al. Serodiagnostics for Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Coronavirus 2 : A Narrative Review. Ann Intern Med 2020; 173:450.
  71. Bryant JE, Azman AS, Ferrari MJ, et al. Serology for SARS-CoV-2: Apprehensions, opportunities, and the path forward. Sci Immunol 2020; 5.
  72. Zhao J, Yuan Q, Wang H, et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients of novel coronavirus disease 2019. Clin Infect Dis 2020.
  73. Qu J, Wu C, Li X, et al. Profile of IgG and IgM antibodies against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Clin Infect Dis 2020.
  74. Zhang G, Nie S, Zhang Z, Zhang Z. Longitudinal Change of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Antibodies in Patients with Coronavirus Disease 2019. J Infect Dis 2020; 222:183.
  75. Deeks JJ, Dinnes J, Takwoingi Y, et al. Antibody tests for identification of current and past infection with SARS-CoV-2. Cochrane Database Syst Rev 2020; 6:CD013652.
  76. Long QX, Liu BZ, Deng HJ, et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients with COVID-19. Nat Med 2020; 26:845.
  77. Wang X, Guo X, Xin Q, et al. Neutralizing Antibodies Responses to SARS-CoV-2 in COVID-19 Inpatients and Convalescent Patients. Clin Infect Dis 2020.
  78. Lisboa Bastos M, Tavaziva G, Abidi SK, et al. Diagnostic accuracy of serological tests for covid-19: systematic review and meta-analysis. BMJ 2020; 370:m2516.
  79. Lustig Y, Keler S, Kolodny R, et al. Potential antigenic cross-reactivity between SARS-CoV-2 and Dengue viruses. Clin Infect Dis 2020.
  80. Long QX, Tang XJ, Shi QL, et al. Clinical and immunological assessment of asymptomatic SARS-CoV-2 infections. Nat Med 2020; 26:1200.
  81. Ibarrondo FJ, Fulcher JA, Goodman-Meza D, et al. Rapid Decay of Anti-SARS-CoV-2 Antibodies in Persons with Mild Covid-19. N Engl J Med 2020; 383:1085.
  82. Patel MM, Thornburg NJ, Stubblefield WB, et al. Change in Antibodies to SARS-CoV-2 Over 60 Days Among Health Care Personnel in Nashville, Tennessee. JAMA 2020.
  83. Perreault J, Tremblay T, Fournier MJ, et al. Waning of SARS-CoV-2 RBD antibodies in longitudinal convalescent plasma samples within four months after symptom onset. Blood 2020.
  84. Gudbjartsson DF, Norddahl GL, Melsted P, et al. Humoral Immune Response to SARS-CoV-2 in Iceland. N Engl J Med 2020.
  85. Isho B, Abe KT, Zuo M, et al. Persistence of serum and saliva antibody responses to SARS-CoV-2 spike antigens in COVID-19 patients. Sci Immunol 2020; 5.
  86. Iyer AS, Jones FK, Nodoushani A, et al. Persistence and decay of human antibody responses to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 spike protein in COVID-19 patients. Sci Immunol 2020; 5.
  87. Murugesan K, Jagannathan P, Pham TD, et al. Interferon-gamma release assay for accurate detection of SARS-CoV-2 T cell response. Clin Infect Dis 2020.
  88. Bullard J, Dust K, Funk D, et al. Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples. Clin Infect Dis 2020.
  89. Liu WD, Chang SY, Wang JT, et al. Prolonged virus shedding even after seroconversion in a patient with COVID-19. J Infect 2020; 81:318.
  90. Centers for Disease Control and Prevention. Clinical Questions about COVID-19: Questions and Answers. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/faq.html (Accessed on August 14, 2020).

Пусть больше людей узнает о проектеПоделитесь с друзьями и коллегами. Вместе победим! 💪