30 апреля 2020, 00:00

Сопутствующие инфекции у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2: где вирус гриппа и риновирус/энтеровирус?

Сопутствующие инфекции у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2: где вирус гриппа и риновирус/энтеровирус?

Оригинал: Co‐infection in SARS‐CoV‐2 infected Patients: Where Are Influenza Virus and Rhinovirus/Enterovirus?

Автор: Michael D. Nowak, Emilia Mia Sordillo, Melissa R. Gitman, Alberto E Paniz Mondolfi

Опубликовано: Journal of medical virology, 30.04.2020

Перевод: Злотникова Екатерина, Фонд профилактики рака

Инфицирование новым пандемическим патогеном SARS-CoV-2 может вызывать широкий спектр заболеваний и проявлений, варьирующих от легких простудных симптомов до осложненной пневмонии, тяжелого воспалительного ответа и смерти [1]. Хотя доступные данные были ограничены, недавние сообщения о случаях одновременного заражения вирусом гриппа, [2] человеческого метапневмовируса (hMPV) [3] и сезонных коронавирусов, таких как CoV-HKU-1 [4], у взрослых и детей с инфекцией SARS-CoV-2 показали, что коинфекция может влиять на тяжесть течения и смертность.

В недавнем исследовании Ким и др. обнаружили, что коинфекции были частыми у их группы пациентов в северной Калифорнии; более чем 20 % из 116 положительных по SARS-CoV-2 образцов также содержали один или несколько дополнительных патогенов дыхательной системы, наиболее часто риновирус/энтеровирус, респираторно-синцитиальный вирус и иные коронавирусы (не SARS). И наоборот, 7,5 % их образцов, положительных по респираторному патогену без SARS-CoV-2, также были положительными по SARS-CoV-2 [5]. Кроме того, исследование, проведенное в Ухане и изучившее 8274 пациента с 2745 подтвержденными случаями SARS-CoV-2, показало, что 5,8 % пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, и 18,4 % пациентов, не инфицированных SARS-CoV-2, имели сопутствующие инфекции [6].

Чтобы определить, представляют ли сопутствующие инфекции с другими респираторными патогенами значительную часть инфекций SARS-CoV-2 в нашей популяции пациентов, мы рассмотрели результаты из нашей лаборатории, которая выполняет диагностическое тестирование для 8 стационарных и амбулаторных учреждений в городе Нью Йорк.

В период с 16 марта 2020 года по 20 апреля 2020 года наша лаборатория проверила 16408 пациентов на SARS-CoV-2 с помощью амплификации с обратной транскрипционной полимеразной цепной реакцией в реальном времени (RT-PCR, система cobas® 6800, RocheDiagnostics); из них 2049 были также протестированы с помощью мультиплексной респираторной панели FilmArray® (RPPCR2, BioMerieux) или Cepheid Xpert® Xpress Flu/RSV (Flu/RSV).

Наши результаты отличаются высоким уровнем позитивности SARS-CoV-2 (54,8 %) в течение этого периода времени и очень низкими показателями коинфекции другими патогенами, не относящимися к SARS-CoV-2. Конкретные данные для обнаружения других респираторных патогенов у наших SARS-CoV-2-положительных пациентов представлены в Таблице I и сравниваются с данными для пациентов, у которых SARS-CoV-2 не был обнаружен.

Из 8990 пациентов с положительным результатом на SARS-CoV-2 1204 пациента также были протестированы с помощью RPPCR2 или грипп/RSV, при этом сопутствующая инфекция была обнаружена только у 36 пациентов (2,99 %). Для сравнения, из 7418 пациентов с отрицательным результатом на SARS-CoV-2 845 были протестированы с помощью RPPCR2 или грипп/RSV, и 111 пациентов (13,1 %) были положительными по крайней мере по одному из других респираторных вирусных возбудителей (не SARS-CoV-2). У пациентов с отрицательным тестом на SARS-CoV-2 наиболее распространенными коинфекциями респираторных вирусов были риновирус/энтеровирус, вирусы гриппа и коронавирус NL63, что соответствуют стандартным респираторным вирусам, (не SARS-CoV-2), циркулирующим в нашем сообществе. Другие коронавирусы были наиболее распространенными сопутствующими респираторными вирусами, обнаруженными в образцах от SARS-CoV-2-положительных пациентов.

Средний возраст пациентов, проверенных на SARS-CoV-2, составлял 55,4 года (60,2 и 49,6 года в положительных и отрицательных подгруппах соответственно). Соотношение половой принадлежности: 50 % женщин и 50 % мужчин в целом (44 % женщин и 56 % мужчин в SARS-CoV-2-положительной подгруппе, 54 % женщин и 46 % мужчин в SARS-CoV-2-отрицательной подгруппе). Те пациенты, у которых был обнаружен SARS-CoV-2 с одним или несколькими выявленными дополнительными респираторными патогенами, имели средний возраст 60,1 года и составляли 56 % женщин и 44 % мужчин. Пациенты с отрицательным SARS-CoV-2 с одним или несколькими выявленными дополнительными респираторными патогенами имели средний возраст 42,3 года, из них 45 % женщин и 55 % мужчин.

Хотя коинфекция с другими респираторными вирусами, по-видимому, встречается редко у пациентов с инфекцией SARS-CоV-2 в нашем сообществе, наши данные не позволяют сделать выводы, протекает ли у пациентов с коинфекцией заболевание в более тяжелой форме или имеются ли иные изменения в течении заболевания. Однако наши результаты согласуются с недавней публикацией из Испании, показывающей, что госпитализированные больные с SARS-CoV-2 с пневмонией нечасто коинфицировались другими респираторными вирусами [7].

Отсутствие других респираторных вирусов, в частности риновируса/энтеровируса и вируса гриппа, у наших пациентов с SARS-CoV-2, протестированных на другие респираторные патогены, особенно интересно в свете исследований, предполагающих, что некоторые вирусы [8, 9], в частности риновирус [10], могут нарушать способность других вирусов вызывать развитие заболевания.

В настоящее время мы плохо понимаем вирусные кинетические параметры инфекции SARS-CoV-2, что затрудняет определение динамики коинфекции. Кроме того, было показано, что различные механизмы, посредством которых вирусы вызывают иммунные ответы и взаимодействия, могут быть причиной повышения конкурентоспособности между коинфекциями [10].

Мы предполагаем, что более высокая конкурентоспособность может играть роль во взаимодействии SARS-CoV-2 с другими респираторными вирусами во время коинфекции, и что, возможно, это является одной из причин, почему уровень коинфекции у пациентов с SARS-CoV-2 намного ниже. Наоборот, прогрессирование заболевания и исход при SARS-CoV-2-инфекции также сильно зависят от иммунного ответа хозяина, особенно у пожилых людей, у которых возрастные изменения иммунной системы могут предрасполагать к повышенному риску коинфекции.

Требуются дополнительные исследования, чтобы установить, может ли наличие одновременно нескольких вирусных инфекций у пациентов с SARS-CoV-2 потенциально влиять на подавление одних вирусов другими или на исход заболевания.

Table 1. Proportions of Patients Positive for Non-SARS-CoV-2 Respiratory Pathogens, by SARS-CoV-2 Result SARS-CoV-2 status

Картинка
Оригинал

Пусть больше людей узнает о проектеПоделитесь с друзьями и коллегами. Вместе победим! 💪