17 июня 2020, 00:00

Полногеномный поиск ассоциаций тяжелого лечения COVID-19 с дыхательной недостаточностью

Полногеномный поиск ассоциаций тяжелого лечения COVID-19 с дыхательной недостаточностью

Полногеномный поиск ассоциаций тяжелого течения COVID-19 с дыхательной недостаточностью

Автор: David Ellinghaus, Ph.D. et al.

Опубликовано: NEJM, 17.06.2020

Перевод: Гузель Рафикова, Фонд профилактики рака

Актуальность

Существует большое количество вариантов течения коронавирусной болезни среди пациентов, инфицированных вирусом SARS-CoV-2. Анализ геномной ассоциации может позволить выявить потенциальные генетические факторы, участвующие в развитии COVID-19.

Методы

Мы провели полногеномное исследование с участием 1980 пациентов с тяжелым течением COVID-19 (которое определялось наличием дыхательной недостаточности) в семи больницах в итальянском и испанском эпицентрах пандемии SARS-CoV-2 в Европе. После контроля качества и исключения популяционных выбросов в окончательный анализ были включены 835 пациентов и 1255 контрольных участников из Италии, 775 пациентов и 950 контрольных участников из Испании. В общей сложности мы проанализировали 8 582 968 однонуклеотидных полиморфизмов и провели мета-анализ двух панелей «случай-контроль».

Результаты

Мы обнаружили перекрестную репликацию ассоциаций с rs11385942 в локусе 3p21.31 и с rs657152 в локусе 9q34.2, которые были значимыми на уровне всего генома (P <5 × 10-8) в мета-анализе двух панелей «случай-контроль» (для первой: отношение шансов — 1,77, доверительный интервал [ДИ] 95% — 1,48-2,11, P = 1,15 × 10-10; для второй: отношение шансов — 1,32, 95% ДИ — 1,20-1,47, P = 4,95 × 10-8). В локусе 3p21.31 сигнал ассоциации охватывает гены SLC6A20, LZTFL1, CCR9, FYCO1, CXCR6 и XCR1. Сигнал ассоциации в локусе 9q34.2 совпадает с локусом группы крови АВО; в этой группе специфический анализ группы крови показал более высокий риск для группы крови А(II), чем в других группах крови (отношение шансов — 1,45; 95% ДИ — от 1,20 до 1,75; Р = 1,48 × 10-4), и защитный эффект в группе крови О(I) по сравнению с другими группами крови (отношение шансов — 0,65; 95% ДИ — от 0,53 до 0,79; Р = 1,06 × 10-5).

Выводы

Мы идентифицировали кластер генов 3р21.31 как локус генетической восприимчивости у пациентов с Covid-19 с дыхательной недостаточностью и подтвердили потенциальное участие системы группы крови АВО.